Một số công cụ dọn dẹp có thể nhận diện nhầm các lệnh vận hành của phần mềm đồ họa hoặc game là "rác", dẫn đến việc ứng dụng không khởi động được sau khi dọn dẹp.
Đây là nhược điểm đáng ngại nhất đối với bất kỳ người dùng máy tính nào. Một số công cụ dọn dẹp có thể
Registry là "bộ não" lưu trữ mọi thiết lập hệ thống. Chỉ cần xóa nhầm một khóa (key) quan trọng, máy tính có thể bị lỗi màn hình xanh (BSOD). Một số công cụ dọn dẹp có thể
Các bản miễn phí thường đi kèm với phần mềm rác (bloatware) hoặc các thanh công cụ trình duyệt gây phiền nhiễu. Một số công cụ dọn dẹp có thể